Um tipo de poluição extremamente nocivo ao processo de produção e ao ser humano é o causado por bactérias, principalmente gram-negativas, como é o caso da Pseudomonas, que é um patógeno oportunista, ou seja, que raramente causa doenças em um sistema imunológico saudável, mas explora eventuais fraquezas do organismo para estabelecer um quadro de infecção. Pela sua resistência a maior parte dos antibióticos e antissépticos também é a principal causadora de infecção hospitalar.